免疫低下容易受病菌感染，免疫過強會造成過敏症狀，而當免疫系統過度活化開始攻擊自身細胞或器官時，即形成大眾熟知的自體免疫疾病。
常見的自體免疫疾病如類風濕性關節炎、紅斑性狼瘡、多發性硬化症等，其中好發於年輕女性的系統性紅斑性狼瘡，會造成全身性的影響，包含疲勞、發燒或體重減輕，其他症狀如臉頰蝴蝶型紅斑、光敏感(曬太陽導致皮膚不適)、肌肉關節疼痛、貧血、白血球低下、雷諾氏現象(末梢循環差導致四肢冰冷蒼白、發紫)、肺炎、腎衰竭、癲癇等。
治療上需透過藥物如抗發炎藥、類固醇、免疫抑制劑等控制病情；飲食重點在於均衡營養及體重維持，避免酒精、刺激性及高熱量食物，且根據不同的併發症作飲食調整，如腎臟功能低下需限制蛋白質量、水分及鈉含量、長期使用類固醇可補充鈣質及維生素D以減少骨質流失。
體內免疫失衡還可能引起感染，加速病情惡化，因此適量補充抗發炎及免疫維持的營養素，並配合輕度運動及充足睡眠。自體免疫疾病雖然無法痊癒，但透過營養、藥物及生活習慣調整，能降低病情發作及症狀緩解，保持健康的心態及充足的體力，是提高生活品質不可或缺的保養之道！